El Programa Innovación y Buenas Prácticas, se encargará de recuperar, difundir y premiar, experiencias relevantes realizadas por los municipios. Este Programa recoge la experiencia de proyectos desarrollados por la División de Municipalidades -SUBDERE durante la última década. Y se enmarca en los lineamentos estratégicos establecidos por la institución para los años 2007 / 2010. Sus objetivos específicos son : contribuir a identificar, sistematizar, difundir de las acciones y programas innovadores locales que busquen:

• Mejorar la calidad de los servicios que entregan los municipios, especialmente en materias de protección social, desarrollo económico local , educación .
• Fomentar el desarrollo de mecanismos de articulación con otros niveles regionales /comunales.
• Fortalecer mecanismos y procesos de participación ciudadana
• Afianzar grados de asociativismo a niveles municipales.