En diciembre de 2004, la Subsecretaria de Desarrollo Regional y Administrativo de entonces, Adriana Delpiano, encarga al CIDEZE el inicio de una nueva etapa de trabajo en el Archipiélago. Ello se traduce en un Plan de Desarrollo –anunciado por el ex Presidente Ricardo Lagos en su visita a la Isla Róbinson Crusoe, en febrero de 2005–, que incluye la realización de un nuevo diagnóstico, un levantamiento de necesidades por sector –la visión local– y un posterior Plan de Trabajo, estrechando vínculos con el Municipio y organizaciones sociales como el Sindicato de Pescadores Artesanales. En conjunto con la Gobernación Provincial de Valparaíso y los equipos técnicos de la Intendencia Regional de Valparaíso, fueron trabajados aquellos aspectos administrativos, técnicos y políticos de la propuesta. Asimismo, en su visita el ex Presidente anunció una Propuesta de Estatuto Especial de Administración para el Archipiélago, cuyo trámite parlamentario se iniciaría luego de la aprobación de la reforma constitucional que crea los territorios especiales de Isla de Pascua y Archipiélago Juan Fernández.

La elaboración del Estatuto Especial para el Archipiélago responde a una aspiración permanente de la Alcaldía local, en relación con el proyecto de Reforma Constitucional que actualmente se tramita y que incluye el reconocimiento de la particularidad de algunos territorios insulares, para los que la organización del gobierno regional y local no ha resultado adecuada.

En el documento "Gestión Pública para Territorios Especiales" (Cuenta Pública del CIDEZE 1994-2005) se encuentran todos los antecedentes respecto a la formulación del Plan de Desarrollo y a la elaboración de la propuesta de Estatuto para la Isla.

• Presentación a las autoridades y comunidad del Archipiélago, del Plan de Desarrollo y el proyecto de Estatuto Especial, en cuya elaboración han participado activamente la Comisión Nacional de Medio Ambiente (CONAMA), y algunas Subsecretarías y Servicios Públicos, quienes entregaron sus propuestas sectoriales luego de realizada la evaluación pertinente respecto de las medidas entregadas por la Municipalidad.
• Proyecto de estatuto especial: elaboración de anteproyecto de Ley Orgánica Constitucional (LOC).
• Diseño de un Plan Plurianual de Inversión.
• Seguimiento del estado de avance de los proyectos en ejecución.